会社側が従業員の私的メール使用を認めている場合にはプライバシー侵害となる場合もありますが、そうでない場合に必ずプライバシー侵害になるとはいえません。会社のメールは会社の業務に使われるために設けられているものであって、上司がサーバのメールを閲覧することは違法ではないと思われます。なお、上司のメール閲覧は有線電気通信法上違法になるという見解もあります。会社としてはメールに関するルールを確立し、正当な理由がある場合には従業員のメールをモニターすることがあるということを周知徹底させるべきですし、事前に従業員の同意をとっておくべきでしょう。